يمكن تعقيم أنابيب السيليكون المخصصة للطعام في درجات حرارة عالية. تتم معالجة هذا النوع من أنابيب السيليكون في الغالب بنفس الطريقة ويخضع لعملية تطهير صارمة قبل الاستخدام. تعد درجة حرارة التطهير خطوة أساسية، حيث تتطلب منتجات أنابيب السيليكون ظروف حرارة محددة لضمان فعالية التطهير دون الإضرار بموادها.
على وجه التحديد، يمكن تطهير أنابيب السيليكون المخصصة للطعام باستخدام الهواء الساخن عند 250 درجة مئوية (أو 482 درجة فهرنهايت) أو البخار عند درجة حرارة 135 درجة مئوية (أو 275 درجة فهرنهايت) عند ضغط 3.5 بار لمدة 1.5 ساعة. بعد التطهير، من الضروري الانتظار لفترة من الوقت (مثل ساعة واحدة) حتى يعود الخرطوم إلى حالة مستقرة، حيث يمكن للبخار أن يغير المادة العضوية وخصائص التمدد لمطاط السيليكون.
بالإضافة إلى ذلك، عند استخدام التطهير بالبخار، يجب الانتباه إلى وقت التراكم. إذا تجاوز وقت تراكم التطهير بالبخار 150 ساعة، فتحقق بعناية مما إذا كان من الممكن الاستمرار في استخدام أنبوب السيليكون، حيث قد تتغير التركيبات بعد تجاوز عمر التطهير الموصى به.
بعد التطهير، إذا أنبوب سيليكون صالح للطعام لا يُستخدم بشكل مؤقت، بل يجب تنظيفه ووضعه على رف جاف لتجنب التعرض لأشعة الشمس وبيئة الأوزون، ولتجنب ملامسة المواد الكيميائية. لضمان عدم وجود غبار أو مواد ضارة داخل المخزن، يمكن ثني رأس وذيل أنبوب السيليكون عند درجة حرارة 45 درجة مئوية أو 90 درجة مئوية.